Hospital Daerah Kinabatangan telah diwujudkan sejak tahun 1999 untuk memudahkan penduduk sekitar mendapat rawatan  yang sebelum itu penduduk terpaksa ke luar bandar untuk mendapatkan rawatan. Klinik Kesihatan Ibu dan Anak (KKIA) turut ditubuhkan sebagai kemudahan rawatan kepada penduduk Pekan Kinabatangan terutamanya ibu dan anak.

Kini, beberapa klinik swasta ditubuhkan antaranya ialah Klinik Layong, Klinik Mabelo dan Klinik Kinabatangan.